V archivu muzea jsou uloženy sbírkové předměty archivní povahy, které jsou rozděleny do fondů ve třech řadách:

• Fond řady A - tematické zaměření (Listiny, Církevní správa, Rychty na meziříčském panství, Šlechtická sídla na meziříčském, křižanovském a černickém panství apod.)
• Fond řady B - obsahuje jednotlivosti i celé soubory z pozůstalostí významných osob (např. soubor korespondence etnografky a historičky umění Renáty Tyršové aj.)
• Fond řady C - obsahuje zpracovaná díla – rozsáhlý soubor stavebně historických průzkumů a archivních rešerší z dějin regionu apod.

Archivní fondy jsou průběžně doplňovány a rozšiřovány o nové přírůstky.

Návštěva badatelny bude možná pouze po předchozí domluvě prezenčně každou středu v pracovní době. Vzhledem k malé kapacitě badatelny je vhodné se předem řádně objednat telefonicky případně e-mailem.